Das Ausstellungskonzept des Neuen Museums ist Bestandteil der Gesamtidee Museumsinsel als Zentrum der antiken Kulturen. der Antike'.
Die bereits vor der Wiedervereinigung der Museen entwickelte Idee einer architektonischen und inhaltlichen Verknüpfung der Häuser der Museumsinsel fand als wesentliches Strukturelement Eingang in den Masterplan Museumsinsel. Themen von genereller Relevanz werden aus der Sicht verschiedener Kulturen in einem multidisziplinären Ansatz im Medium musealer Präsentation erfahrbar gemacht. Architektonische Voraussetzungen für eine begehbare Verbindung der Häuser sind in der tiefer gelegten Südkuppel des Bode-Museums und in den Räumen der Ebene 0 am Nord- und Südende der Längsachse des Neuen Museums geschaffen worden, so dass die Anbindung des Pergamonmuseums und des Alten Museums mit geringem Aufwand hergestellt werden kann.
Im Neuen Museum ist die Archäologische Promenade bereits Realität. Altägyptische, römische und frühchristliche Sarkophage, ein Steinplattengrab aus Helgoland und eine vierzig Meter lange Folge illuminierter Papyri aus Ägypten fügen sich im ehemaligen Ägyptischen Hof zum Thema 'Jenseits und Ewigkeit'. Über 'Zeit und Geschichte' berichten Zeitmeßgeräte, astronomische Instrumente, Königslisten, datierte Inschriften verschiedener antiker Kulturen. Kumanische Statuen, assyrische Reliefs, ein Bildzyklus aus einem altägyptischen Pyramidentempel, die monumentale Zeus-Statue aus Magnesia und der bauzeitliche Schievelbein-Fries schildern im Griechischen Hof Aspekte der 'Weltordnung'. Neun Häuser der Staatlichen Museen zu Berlin haben zur Realisierung dieser Abfolge von Themenräumen beigetragen, die als Achse das ganze Neue Museum auf der Ebene 0 durchziehen
Die Schaffung eines geschlossenen Rundgangs auf beiden Ausstellungsebenen sowie die Anbindung an die Archäologische Promenade und das neue Eingangsgebäude waren im Jahr 2000 die Aufgaben eines Architektenwettbewerbs, als dessen Preisträger O. M. Ungers (Köln) hervorging. Er schlägt eine Erschließung der Basisebene unter dem Forum vor und einen transparenten vierten Flügel für das Pergamonmuseum am Kupfergraben, in dem die derzeit ausgelagerte ägyptische Monumentalarchitektur präsentiert werden wird.